Calculadora de propiedades de péptidos
Introduzca una secuencia peptídica para obtener su masa neutra promedio y monoisotópica, fórmula elemental, carga neta al pH seleccionado, pI teórico, fórmula de Kyte-Doolittle y ε280 estimado, todo en un mismo lugar. Cada resultado es una predicción teórica, que se muestra con su método y una nota explicativa. Pruebe la secuencia de ejemplo ACDWYK para ver cómo funcionan los resultados. Solo para uso en investigación de laboratorio.
Resultados de la secuencia
Introduce tu secuencia o prueba el ejemplo para ver sus propiedades teóricas.
- Masa neutra promedio
- Masa neutra monoisotópica
- Carga neta a pH
- pI teórico
- SALSA
- ε280 estimado (M⁻¹ cm⁻¹)
No contiene triptófano ni tirosina. Este modelo no puede proporcionar un valor de ε280 útil para calcular la concentración.
Misma secuencia, mismo pH
- Masa monoisotópica
- Cambio de masa
- Carga neta
- pI teórico
Fórmula · Residuos
Una letra
Tres letras
Explora la secuencia
Seleccione un residuo para ver su contribución. Use las teclas de flecha o deslice el dedo para desplazarse a lo largo de la cadena.
- Carga de cadena lateral modelada
- Puntuación de hidropatía
- Contribución ε280 (M⁻¹ cm⁻¹)
Cómo funciona la calculadora
Esta calculadora de secuencias de péptidos acepta códigos de una letra, secuencias FASTA individuales o códigos de tres letras separados para los 20 aminoácidos estándar, de 1 a 500 residuos. Modela una cadena principal lineal con un extremo N libre o N-acetilado y un extremo C libre o C-amidado, considerando la cisteína como reducida. Los enlaces disulfuro, otras modificaciones, los péptidos cíclicos y los residuos no estándar quedan fuera de este modelo combinado. La Calculadora de Peso Molecular maneja algunos de estos elementos para el cálculo de la masa. Su secuencia también aparece en notación normalizada de tres letras, y puede copiar un resumen de los resultados.
| Propiedad | Base de cálculo |
|---|---|
| Masa y fórmula | La calculadora informa las masas de fórmula y neutras en daltons. Estos valores se obtienen a partir de las masas de residuos (Recurso de Proteómica de la Universidad de Washington) y las masas elementales (Unimod). Se añade agua para los extremos libres y los cambios en los grupos acetilo o amida se aplican por separado. La masa promedio utiliza masas atómicas ponderadas por isótopos. La masa monoisotópica utiliza el isótopo más abundante de cada elemento. |
| Cargo neto y pI | La carga neta utiliza el pKa del péptido IPC (Kozlowski) para cualquier pH entre 0 y 14. Puede ajustar el pH con el control deslizante o introducir un valor exacto. El gráfico muestra la carga en función del pH con una línea que marca el cero. El pI es el punto donde la curva modelada cruza el cero, y el gráfico lo indica. Si la curva no tiene un punto de cruce o no tiene un pI único, el resultado lo indica. Los ajustes de los terminales afectan tanto a la carga como al pI. |
| SALSA | GRAVY es la media aritmética de los valores de hidropatía de Kyte-Doolittle para cada residuo (ExPASy ProtScale). Describe únicamente la secuencia. No incluye efectos de tapa ni de disolvente, y no predice la solubilidad. |
| ε280 estimado | Para este modelo reducido, ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr, en M⁻¹ cm⁻¹ (ExPASy ProtParam, método Pace). Este valor es una estimación a partir de la secuencia. No es un valor medido de A280. |
Explorar péptidos de investigación relacionados
Verifique el listado y compárelo con la documentación de su lote antes de comparar las propiedades calculadas.
Preguntas frecuentes sobre la calculadora de propiedades de péptidos
¿Debo usar la masa promedio o la monoisotópica?
Utilice la misma convención de masas que en el resultado analítico con el que está comparando. Estas son masas neutras teóricas, no un espectro observado, por lo que no pueden explicar qué picos aparecen en sus datos.
¿Cómo puedo encontrar el punto isoeléctrico (pI) de mi péptido?
Localiza el punto donde la curva de carga modelada cruza el cero. Luego, comprueba que el modelo de péptido IPC y las formas terminales seleccionadas coincidan con tu péptido.
¿Puede GRAVY decirme si mi péptido se disolverá?
No. GRAVY es solo un promedio de secuencia. Pruebe la solubilidad en su medio y condiciones reales. La guía de solubilidad de péptidos de Bachem es un buen punto de partida.
¿Por qué mi estimación de ε280 es cero o baja?
En este modelo, solo Trp y Tyr contribuyen a ε280. Una secuencia sin ninguno de estos residuos obtiene un valor de cero, por lo que no se puede utilizar la estimación para inferir la concentración. Para determinar la concentración, mida A280 y aplique la corrección de longitud de trayectoria y de blanco en la herramienta de medición de A280.
¿Pueden estas predicciones confirmar la identidad de mi lote?
No. Los resultados de la calculadora son teóricos. Para verificar la identidad, utilice el informe original de ese lote y compárelo con los mismos criterios, como el ion medido (m/z) o la masa neutra. Puede encontrar los informes de lotes en el Buscador de COA.
Continúe con una herramienta de investigación especializada.
- Calcular la masa para las modificaciones documentadas
- Comparar los modelos de carga y pI
- Trazar hidropatía local
- Utilice un A280 medido
- Comparar las condiciones de la prueba de solubilidad
- Convertir concentración másica y molaridad
- Encuentre un certificado de análisis de lote
- Explorar péptidos de investigación
